Pewnie podczas przywracania systemu pliki zostały usunięte, mimo informacji o niepowodzeniu samego procesu przywracania. Tak to juz jest z czasami z systemami M$.
Jezeli byly to jakies ważne dane i nie zostaly nadpisane to mozesz je sprobowac przywrócić jakims softem do odzysku danych - wpisz w google "data recovery" lub "odzyskiwanie danych". W dziale "Download" forum tez cos sie pewnie znajdzie.

Nie zaszkodzi także sprawdzenie dysku pod kątem błędów: Mój komputer > Własciwosci danego dysku > Narzedzia > Sprawdz.

Jesteś pewny że masz aktualny system ? Takie "byki" pojawiały sie jeszcze za czasów "przed Service Pack'owych 1". W panelu sterowania ustaw pokazywanie ukrytych plików i plikow systemowych i jeszcze raz sprawdz czy nie ma nigdzie tego czego szukasz.
Zaktualizuj system, jesli to nie pomoze to spróbuj cofnąc go do innego punktu przywracania, mozesz tez przeczyścic rejestr i usunąc pliki śmieci czymś a'la CCleaner: http://rudanet.info/ccleaner-vt375.htm